Les Organes du SOAC sont les suivants :
l’Assemblée Générale (AG) ;
le Conseil d’Administration (CA) ;
la Direction Générale (DG).
L’Assemblée Générale et le Conseil d’Administration sont composées de parties prenantes issues des secteurs public et privé. Les représentants de ces parties prenantes sont des personnes morales issues principalement des trois types de collèges suivants:
Le Collège A qui comprend des organismes accrédités, ou susceptibles d’être accrédités, ou leurs groupements ;
Le Collège B qui comprend des groupements professionnels d’entreprises ou de structures représentatives d’acheteurs recourant ou pouvant recourir aux services des organismes du Collège A ;
Le Collège C qui comprend des représentants des structures défendant l’intérêt public.
L’AG comprend spécifiquement :
des membres actifs : personnes morales impliquées directement ou indirectement par leur objet et qui déclarent vouloir s’employer à développer l’action du SOAC. Ils sont regroupés dans les Collèges A, B, et C définis ci-dessus.
des membres affiliés : personnes morales intéressées par les activités du SOAC. Les membres affiliés peuvent prendre part aux Assemblées Générales. Ils ne sont représentés ni au Conseil d’Administration, ni aux Comités techniques du SOAC.
des membres d'honneur : personnes physiques et personnes morales qui ont rendu des services au SOAC. Ils sont dispensés de frais d’adhésion et de cotisation. Ils ne sont représentés ni au Conseil d’Administration, ni aux Comités techniques du SOAC.
Le Conseil d’Administration comprend 9 membres répartis comme suit :
trois (3) représentants du Collège A ;
trois (3) représentants du Collège B ;
trois (3) représentants du Collège C.
Les Etats membres étant au nombre de 8, le poste de 9ème administrateur est tournant en suivant l’ordre alphabétique.
La Commission de l’UEMOA est membre du Conseil sans droit de vote.